Pochi anni dopo, alcuni cristiani, per non perdere la memoria del luogo della sua sepoltura, costruirono una piccola “edicola”. Di questo piccolo monumento parla nel II secolo il presbitero Gaio in un suo scritto, ecco perché presso gli studiosi questa struttura è nota come “trofeo di Gaio”.
Nel IV secolo l’imperatore Costantino, dopo la sua conversione al Cristianesimo, fece ergere diverse basiliche per i seguaci della religione di Gesù e fra queste costruì la basilica di San Pietro, proprio sul luogo dove si era consumato il martirio del principe degli apostoli.
La basilica si presentava a cinque navate. Al suo interno sorgeva la “memoria costantiniana”, un grande cubo di marmo che inglobava e proteggeva il “trofeo di Gaio”.
Fra la fine del VI e l’inizio del VII secolo Papa Gregorio Magno fece costruire un altare che poggiava sulla “memoria costantiniana”. Nel medio evo, e più precisamente nel 1123, l’altare di Gregorio Magno fu sormontato da quello di Callisto II.
L’ultimo ad aggiungersi fu l’altare di Clemente VIII, quello che ancora oggi possiamo vedere all’interno della nuova basilica di San Pietro, consacrata il 18 novembre 1626, esattamente 1300 anni dopo la prima consacrazione.
Gli archeologi chiamano questo fenomeno, tipicamente romano, di crescita su strutture precedenti “superfetazione”. È incredibile constatare cosa si sia sviluppato nel corso dei secoli sopra la tomba di Pietro, quasi a dare concretezza alle parole che Gesù disse proprio al capo degli apostoli: “Tu sei Pietro e su questa pietra edificherò la mia Chiesa”.
Per secoli la tomba di Pietro rimase sotterrata e inaccessibile, ma grazie a una campagna di scavi archeologici condotti negli anni Quaranta fu possibile individuare il posto dove riposavano le spoglie di Pietro. Papa Pio XII diede notizia del ritrovamento durante il radiomessaggio natalizio del 1950