Alla luce di questi dati cronologici, è evidente che fra il dipinto di Raffaello e la riforma protestante non ci possa essere nessun tipo di collegamento, eppure la Madonna Sistina sembra offrire in anticipo delle risposte a quelle che saranno le concezioni luterane sulla salvezza e sulla chiesa.
Nella visione protestante, la salvezza è offerta esclusivamente da Gesù Cristo, unico mediatore fra Dio e gli uomini. Qui invece Raffaello sembra esporre in immagini quella che è la visione cattolica: Gesù, principale mediatore fra Dio e gli uomini, è offerto ai fedeli-spettatori per il tramite di altri mediatori che in qualche modo cooperano all’opera di salvezza: sua madre, una santa e un papa.
Raffaello ha dipinto Maria nel gesto di donarci Gesù. Nella Madre che ci offre il Figlio, sta tutto il paradosso di un Dio che viene a salvarci attraverso una sua creatura: la nostra redenzione inizia con la mediazione di Maria.
Un ulteriore ruolo di mediazione è svolto dai santi. Questa azione di intercessione è rappresentata da Santa Barbara, riconoscibile dalla torre alle sue spalle. La Santa, inginocchiata alla sinistra della Madonna, rivolge il suo sguardo compassionevole verso l’umanità peccatrice.
Anche la Chiesa svolge una mediazione fra Dio e gli uomini. Questa sua funzione è rappresentata da Papa Sisto che possiamo vedere, anch’egli inginocchiato, alla destra di Maria. Il Pontefice rivolge lo sguardo verso verso Maria e Gesù, mentre con la mano destra mostra loro gli uomini.
Nella visione Luterana, la Chiesa è costituita dai santi che solo Dio conosce e dunque è una realtà esclusivamente spirituale. Per i cattolici invece, la chiesa è una realtà ben riconoscibile e visibile sintetizzata nel dipinto di Raffello dalla Madonna (da sempre icona della Chiesa), da Papa Sisto (aspetto istituzionale) e da Santa Barbara (aspetto carismatico).
Questa “triade” nel dipinto sovrasta due angioletti pensosi e che richiamano quella che nella storia dell’arte è il tema dell’invidia degli angeli. Nelle antiche icone della Natività gli angeli osservavano con una certa perplessità la nascita di Gesù, perché si stavano rendendo conto che la salvezza sarebbe venuta dal Verbo incarnato e non da una creatura puramente spirituale come loro.
Allo stesso modo, in questo dipinto l’idea di una chiesa visibile sembra trionfare su una realtà meramente spirituale. È la glorificazione del terreno, del materiale e del visibile in una logica che ricorda il motto “Caro cardi salutis” (= la carne è il cardi e della salvezza) di Tertulliano.