Il 15 settembre 2020, alle 8 del mattino, mentre si prepara a caricare l’auto con le colazioni del giorno, sulla piazzetta di fronte la canonica di San Rocco, Ridah, uno dei suoi assistiti, lo avvicina e lo uccide a coltellate. Una folla partecipa ai suoi funerali. Papa Francesco a più riprese ha parlato di don Roberto, definendolo “testimone della carità verso i più poveri”, annoverandolo tra i “servi fedeli di Dio, che non fanno parlare di sé, ma vivono così, servendo”. In vista della Giornata dei missionari martiri del 24 marzo, la Fondazione Missio, in collaborazione con “Luci nel mondo”, il “Settimanale della diocesi di Como”, il Centro missionario diocesano di Como, ha realizzato un video intitolato “Una vita per gli altri”, disponibile nel sito di Missio.
Don Malgesini, dice l’amico sacerdote don Roberto Bartesaghi, direttore della Caritas diocesana di Como, “aveva una teologia semplice. Al mattino presto, quando preparava la colazione per i più bisognosi, viveva un momento intenso di preghiera”. E ancora: “sin da quando ci siamo conosciuti, all’inizio del cammino in seminario, Roberto persona umile, è sempre stato alla ricerca dei tempi con cui poter stare con il Signore”. Ma ora che don Roberto non c’è più, chi raccoglie la sua eredità? Il testimone di don Roberto, dicono amici, conoscenti, parrocchiani e preti, è diventato collettivo. “Questo è il miracolo del martirio”, si legge nel sito di Popoli e Missione: “i poveri della città non sono lasciati soli, c’è anzi, un’attenzione in più per tutti”.